民扰造成的费用索赔责任归谁？

这要看民扰是属于建设单位还是施工单位的责任。
索赔成立的关键在于责任，产生民扰的原因是建设单位还是施工单位引起是索赔成立的关键，产生原因是建设单位引起索赔就成立，产生原因是施工单位引起的索赔就不成立。
正常情况下，市政工程计取了施工因素增加费（已经考虑了市政工程通行等因素对施工的影响），就不应该再计取民扰带来的影响。